Capacités :
Calculer la longueur totale d’une molécule d’ADN dans un chromosome
Étape a – Calculer le nombre de bases dans la molécule d’ADN du chromosome 1 considéré.
Fichier Nombre_nucleotides_chromosome_1.py
(ndp : les fichiers de séquençage de chromosomes proviennent du Genome Reference Consortium [www.ncbi.nlm.gov/grc/human] [Mise à jour GRCh38.p13 du 1er Mars 2019] qui propose des séquences consensus réalisées à partir de plusieurs individus où chaque base d’une position est la plus représentative parmi les génomes testés => genome assembly)
Fichiers Séquençage chromosomes humains
Éditeur
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chromo_1=open(‘D:/chr1.fna’) # remplacer D:/chr1.fna par votre chemin (sans accent) pour atteindre le fichier chr1.fna # la variable « chromo_1 » reçoit le contenu du fichier contenu=chromo_1.read() # la variable « contenu » reçoit ce que la fonction « read » lit dans le fichier chr1.fna nbre_nucleotides_chromo_1=len(contenu) # la variable « nbre_nucleotides_chromo_1 » reçoit le résultat de la fonction « len » (len pour length, longueur en anglais) appliquée à la variable contenu (remplie à la ligne précédente) : la fonction len compte le nombre de caractères dans la chaîne de caractères que constitue le fichier chr1.fna print(nbre_nucleotides_chromo_1) # affiche dans la console le nombre de caractères comptés dans le chromosome 1 c’est-à-dire le nombre de nucléotides |
Console
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>>> 252068378 >>> |
Proposition pédagogique pour les débutants
Faire ouvrir le fichier Nombre_nucleotides_chromosome_1.py (sans les explications précédées de #) puis demander d’expliquer ce que font les instructions suivantes :
- nbre_nucleotides_chromo_1=len(contenu)
- print(nbre_nucleotides_chromo_1)
Proposition pédagogique pour les initiés
Faire ouvrir le fichier Nombre_nucleotides_chromosome_1.py (sans les explications précédées de # et sans les deux dernières instructions) puis demander de recopier et de compléter les instructions suivantes pour afficher le nombre de nucléotides du chromosome 1 :
- nbre_nucleotides_chromo_1=_ _ _ _ _ _ _(contenu)
- _ _ _ _ _ _ _(nbre_nucleotides_chromo_1)