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La réplication de l’ADN

Capacités :
Calculer la longueur totale d’une molécule d’ADN dans un chromosome

Étape a – Calculer le nombre de bases dans la molécule d’ADN du chromosome 1 considéré.

Fichier Nombre_nucleotides_chromosome_1.py

(ndp : les fichiers de séquençage de chromosomes proviennent du Genome Reference Consortium [www.ncbi.nlm.gov/grc/human] [Mise à jour GRCh38.p13 du 1er Mars 2019] qui propose des séquences consensus réalisées à partir de plusieurs individus où chaque base d’une position est la plus représentative parmi les génomes testés => genome assembly)

Fichiers Séquençage chromosomes humains

Éditeur

chromo_1=open(‘D:/chr1.fna’)

# remplacer D:/chr1.fna par votre chemin (sans accent) pour atteindre le fichier chr1.fna

# la variable « chromo_1 » reçoit le contenu du fichier

contenu=chromo_1.read()

# la variable « contenu » reçoit ce que la fonction « read » lit dans le fichier chr1.fna

nbre_nucleotides_chromo_1=len(contenu)

# la variable « nbre_nucleotides_chromo_1 » reçoit le résultat de la fonction « len » (len pour length, longueur en anglais) appliquée à la variable contenu (remplie à la ligne précédente) : la fonction len compte le nombre de caractères dans la chaîne de caractères que constitue le fichier chr1.fna

print(nbre_nucleotides_chromo_1)

# affiche dans la console le nombre de caractères comptés dans le chromosome 1 c’est-à-dire le nombre de nucléotides

Console

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252068378

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Proposition pédagogique pour les débutants

Faire ouvrir le fichier Nombre_nucleotides_chromosome_1.py (sans les explications précédées de #) puis demander d’expliquer ce que font les instructions suivantes :

  • nbre_nucleotides_chromo_1=len(contenu)
  • print(nbre_nucleotides_chromo_1)

Proposition pédagogique pour les initiés

Faire ouvrir le fichier Nombre_nucleotides_chromosome_1.py (sans les explications précédées de # et sans les deux dernières instructions) puis demander de recopier et de compléter les instructions suivantes pour afficher le nombre de nucléotides du chromosome 1 :

  • nbre_nucleotides_chromo_1=_ _ _ _ _ _ _(contenu)
  • _ _ _ _ _ _ _(nbre_nucleotides_chromo_1)