| Principales fonctions | Procédures |
| VISUALISER UNE MOLECULE | 1-1 : Charger la molécule : dans le menu choisir « fichier » cliquer sur « ouvrir » , sélectionner la molécule dans la fenêtre qui s’ouvre ou bien rechercher le dossier adéquat en suivant le chemin indiqué par le professeur. 1-2 : Sélectionner un mode de représentation : menu « Rubans » puis « afficher seul » ou parmi les icônes représentation en sphères  , en bâtonnets  etc.
Remarque : Il est possible de déplacer la molécule en maintenant le bouton droit de la souris enfoncé. Le glissé gauche permet de la faire tourner dans l’espace autour des axes X et Y. La touche MAJ + bouton droit permet de la faire tourner autour de l’axe Z. Il est possible de zoomer en appuyant sur Maj et en faisant glisser avec le bouton gauche enfoncé. |
| REPERER LA STRUCTURE D’UNE MOLECULE | 2-1 : Repérer le nombre de chaînes : dans le menu « atomes » choisir « colorer par chaîne » 2-2 : Repérer le nombre d’acides aminés ou de nucléotides : dans le menu choisir « molécule » puis « séquence » . Le nom des acides aminés ou des nucléotides apparaît avec leur position 2-3 : Afficher les liaisons entre différentes parties de la molécule : – Visualiser les liaisons hydrogène : dans le menu choisir : « liaisons » , »liaisons hydrogènes » , « type« , « bâtonnets« , choisir une épaisseur du trait ; colorer en utilisant la palette de couleurs  et choisissant « liaisons hydrogènes« .
Pour effacer les liaisons hydrogène. dans le menu choisir : « liaisons » , « liaisons hydrogènes » « effacer« – Visualiser les liaisons disulfure : dans le menu choisir : « liaisons » , « ponts disulfures« , « type » , « bâtonnets » puis une épaisseur du trait ; colorer en utilisant la palette de couleurs et en choisissant « ponts disulfures« |
| IDENTIFIER UNE PARTIE DE LA MOLECULE | 3-1 : Identifier une chaîne : cliquer sur la chaîne, le nom apparaît sur la fenêtre du bas 3-2 : Identifier des acides aminés ou des nucléotides : Cliquer sur  pour activer le mode sélection. Avec le pointeur, cliquer sur l’écran et tirer pour décrire un quadrilatère englobant une portion de la molécule.Dans le menu choisir « Editer » puis « restreindre » et lire dans le panneau de commande le nombre d’atomes sélectionnés. Identifier les acides aminés ou les nucléotides correspondants |
| SELECTIONNER UNE PARTIE DE LA MOLECULE | 4-1 : Sélectionner des acides aminés ou des nucléotides particuliers : Dans la barre d’outils cliquer sur le cadre de commande (cadre Abc ) ou dans le menu « éditer » puis « commande »Taper les numéros des acides aminés ou des nucléotides : 1,2,3… Dans le menu choisir « edition » puis « restreindre » Afficher en bâtonnets  et colorer les différents acides aminés ou nucléotides : dans la barre d’outils cliquer sur le cadre de commande (cadre Abc ) puis taper le numéro de chaque acide aminé et le colorer ou bien choisir l’icône à droite et choisir une couleur. Le nom du groupe sélectionné s’affiche sur le tableau de dialogue.4-2 : Sélectionner une chaîne (substrat, antigène …) choisir taper *nom de la chaîne. Afficher en bâtonnets |