{"id":2609,"date":"2019-07-04T12:55:03","date_gmt":"2019-07-04T11:55:03","guid":{"rendered":"https:\/\/ent2d.ac-bordeaux.fr\/disciplines\/svt\/?page_id=2609"},"modified":"2019-07-05T07:03:02","modified_gmt":"2019-07-05T06:03:02","slug":"la-replication-de-ladn","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/ent2d.ac-bordeaux.fr\/disciplines\/svt\/python\/premiere-specialite\/la-replication-de-ladn\/","title":{"rendered":"La r\u00e9plication de l&rsquo;ADN"},"content":{"rendered":"\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Capacit\u00e9s :<br>Calculer la longueur totale d\u2019une mol\u00e9cule d\u2019ADN dans un chromosome<\/h2>\n\n\n<p><em>\u00c9tape a &#8211; Calculer le nombre de bases dans la mol\u00e9cule d\u2019ADN du chromosome 1 consid\u00e9r\u00e9.<\/em><\/p>\n<p><span style=\"color: #3366ff\">Fichier <em><a href=\"https:\/\/drive.google.com\/open?id=1Oyint5k1SV51-hcKmkQb3mC-AAS6gMoR\">Nombre_nucleotides_chromosome_1.py<\/a><\/em><\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #ff9900\">(ndp&nbsp;: les fichiers de s\u00e9quen\u00e7age de chromosomes proviennent du <em>Genome Reference Consortium<\/em> [www.ncbi.nlm.gov\/grc\/human] [Mise \u00e0 jour GRCh38.p13 du 1<sup>er<\/sup> Mars 2019] qui propose des s\u00e9quences consensus r\u00e9alis\u00e9es \u00e0 partir de plusieurs individus o\u00f9 chaque base d\u2019une position est la plus repr\u00e9sentative parmi les g\u00e9nomes test\u00e9s =&gt; <em>genome assembly<\/em>)<\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #ff9900\">Fichiers <em><a style=\"color: #ff9900\" href=\"https:\/\/drive.google.com\/drive\/folders\/1hw-bgiq7BDeftxSDisNtIqV7EP4ay4sy?usp=sharing\">S\u00e9quen\u00e7age chromosomes humains<\/a><\/em><\/span><\/p>\n<p>\u00c9diteur<\/p>\n<table>\n<tbody>\n<tr>\n<td width=\"778\">\n<p>chromo_1=open(&lsquo;D:\/chr1.fna&rsquo;)<\/p>\n<p><span style=\"color: #339966\"># remplacer D:\/chr1.fna par votre chemin (sans accent) pour atteindre le fichier chr1.fna<\/span><\/p>\n<p><span style=\"color: #339966\"># la variable \u00ab\u00a0chromo_1\u00a0\u00bb re\u00e7oit le contenu du fichier<\/span><\/p>\n<p>contenu=chromo_1.read()<\/p>\n<p><span style=\"color: #339966\"># la variable \u00ab\u00a0contenu\u00a0\u00bb re\u00e7oit ce que la fonction \u00ab\u00a0read\u00a0\u00bb lit dans le fichier chr1.fna<\/span><\/p>\n<p>nbre_nucleotides_chromo_1=len(contenu)<\/p>\n<p><span style=\"color: #339966\"># la variable \u00ab\u00a0nbre_nucleotides_chromo_1\u00a0\u00bb re\u00e7oit le r\u00e9sultat de la fonction \u00ab\u00a0len\u00a0\u00bb (len pour length, longueur en anglais) appliqu\u00e9e \u00e0 la variable contenu (remplie \u00e0 la ligne pr\u00e9c\u00e9dente) : la fonction len compte le nombre de caract\u00e8res dans la cha\u00eene de caract\u00e8res que constitue le fichier chr1.fna<\/span><\/p>\n<p>print(nbre_nucleotides_chromo_1)<\/p>\n<p><span style=\"color: #339966\"># affiche dans la console le nombre de caract\u00e8res compt\u00e9s dans le chromosome 1 c&rsquo;est-\u00e0-dire le nombre de nucl\u00e9otides<\/span><\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<p>Console<\/p>\n<table>\n<tbody>\n<tr>\n<td width=\"778\">\n<p>&gt;&gt;&gt;&nbsp;<\/p>\n<p>252068378<\/p>\n<p>&gt;&gt;&gt;&nbsp;<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<p><\/p>\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\">Proposition p\u00e9dagogique pour les d\u00e9butants<\/h4>\n\n\n\n<p><strong>Faire ouvrir le fichier <\/strong><em><strong>Nombre_nucleotides_chromosome_1.py<\/strong><\/em><strong> (sans les explications pr\u00e9c\u00e9d\u00e9es de #) puis demander d&rsquo;expliquer ce que font les instructions suivantes :<\/strong><\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>nbre_nucleotides_chromo_1=len(contenu)<\/li><\/ul>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>print(nbre_nucleotides_chromo_1)<\/li><\/ul>\n\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\">Proposition p\u00e9dagogique pour les initi\u00e9s<\/h4>\n\n\n\n<p><strong>Faire ouvrir le fichier <\/strong><em><strong>Nombre_nucleotides_chromosome_1.py<\/strong><\/em><strong> (sans les explications pr\u00e9c\u00e9d\u00e9es de # et sans les deux derni\u00e8res instructions) puis demander de recopier et de compl\u00e9ter les instructions suivantes pour afficher le nombre de nucl\u00e9otides du chromosome 1 :<\/strong><\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>nbre_nucleotides_chromo_1=_ _ _ _ _ _ _(contenu)<\/li><\/ul>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\"><li>_ _ _ _ _ _ _(nbre_nucleotides_chromo_1)<\/li><\/ul>\n\n\n\n<hr class=\"wp-block-separator\" \/>\n\n\n\n<!--nextpage-->\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\" id=\"mce_4\">Capacit\u00e9s :<br>Calculer la longueur totale d\u2019une mol\u00e9cule d\u2019ADN dans un chromosome<\/h2>\n\n\n<p><em>\u00c9tape b &#8211; Calculer la longueur de la mol\u00e9cule d\u2019ADN du chromosome 1 sachant que la distance entre deux bases est de 0,34 nm.<\/em><\/p>\n<p><span style=\"color: #3366ff\">Fichier <em><a href=\"https:\/\/drive.google.com\/file\/d\/1ek-Q6uutCCISkXrbgm_4NBgZm6rn8V36\/view?usp=sharing\">Longueur_ADN_chromosome_1.py<\/a><\/em><\/span><\/p>\n<p>\u00c9diteur<\/p>\n<table>\n<tbody>\n<tr>\n<td width=\"778\">\n<p><em>D\u00e9but identique \u00e0 l\u2019\u00e9tape a<\/em><\/p>\n<p>dist_bases=0.34<\/p>\n<p><span style=\"color: #339966\"># distance entre deux bases en nm<\/span><\/p>\n<p>lg_ADN_chromo_1=(nbre_nucleotides_chromo_1-1)*dist_bases<\/p>\n<p><span style=\"color: #339966\"># soustraction d&rsquo;une unit\u00e9 au nombre de nucl\u00e9otides pour avoir le bon nombre d&rsquo;espaces de 0,34 nm<\/span><\/p>\n<p>print(round(lg_ADN_chromo_1,2))<\/p>\n<p><span style=\"color: #339966\"># affiche dans la console la longueur de la mol\u00e9cule d&rsquo;ADN du chromosome 1 en nm arrondie \u00e0 2 chiffres apr\u00e8s la virgule<\/span><\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<p>Console<\/p>\n<table>\n<tbody>\n<tr>\n<td width=\"778\">\n<p>&gt;&gt;&gt;&nbsp;<\/p>\n<p>85703248.18<\/p>\n<p>&gt;&gt;&gt;&nbsp;<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\">Proposition p\u00e9dagogique pour les d\u00e9butants<\/h4>\n\n\n\n<p><strong>Demander de compl\u00e9ter les instructions dans le script suivant puis l&rsquo;ex\u00e9cuter dans Edupython (fournir un script incomplet \u00e0 partir du fichier <\/strong><em><strong>Longueur_ADN_chromosome_1.py<\/strong><\/em><strong>) pour calculer la longueur de la mol\u00e9cule d\u2019ADN du chromosome 1 sachant que la distance entre deux bases est de 0,34 nm :<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p>chromo_1=open(&lsquo;D:\/chr1.fna&rsquo;)<\/p>\n\n\n\n<p>contenu=chromo_1.read()<\/p>\n\n\n\n<p>nbre_nucleotides_chromo_1=len(contenu)<\/p>\n\n\n\n<p>dist_bases=_ _ _ _ _ _ _<\/p>\n\n\n\n<p>lg_ADN_chromo_1=(nbre_nucleotides_chromo_1-1)*_ _ _ _ _ _ _<\/p>\n\n\n\n<p>print(round(lg_ADN_chromo_1,2))<\/p>\n\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\">Proposition p\u00e9dagogique pour les initi\u00e9s<\/h4>\n\n\n\n<p><strong>Demander de compl\u00e9ter le script du fichier pr\u00e9c\u00e9dent pour calculer la longueur de la mol\u00e9cule d\u2019ADN du chromosome 1 sachant que la distance entre deux bases est de 0,34 nm.<\/strong><\/p>\n\n\n\n<hr class=\"wp-block-separator\" \/>\n\n\n\n<!--nextpage-->\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\" id=\"mce_23\">Capacit\u00e9s :<br>Calculer la longueur totale de l\u2019ensemble de l\u2019ADN d\u2019une cellule humaine<\/h2>\n\n\n\n<p>Fichier\u00a0<a href=\"https:\/\/drive.google.com\/file\/d\/1VvO0PDX3B9HRxJrji7miYn0OkrpctbEo\/view?usp=sharing\"><em>Longueur_ADN_totale_femme.py<\/em><\/a> <\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-text-color has-luminous-vivid-orange-color\">(ndp&nbsp;: ce fichier qui importe la cha\u00eene de caract\u00e8res de chaque chromosome pour la lire et la compter demande beaucoup trop de m\u00e9moire de travail pour des ordinateurs de type lyc\u00e9e)<\/p>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/drive.google.com\/file\/d\/1975YzlQbQxpXaYprF6871vgVq6DkI_1L\/view?usp=sharing\"><em>Longueur_ADN_totale_femme_simplifie.py<\/em><\/a> <\/p>\n\n\n\n<p class=\"has-text-color has-luminous-vivid-orange-color\">(ndp&nbsp;: ce fichier n&rsquo;importe pas les cha\u00eenes de caract\u00e8res, le nombre de nucl\u00e9otides par chromosome est directement indiqu\u00e9)<\/p>\n\n\n\n<p>Longueur_<a href=\"https:\/\/drive.google.com\/file\/d\/1dhfTBlUUXkpguXex9EfX4svGnBu6gf8u\/view?usp=sharing\"><em>ADN_totale_homme_simplifie.py<\/em><\/a><\/p>\n\n\n\n<table class=\"wp-block-table has-fixed-layout is-style-stripes\"><tbody><tr><td>\u00c9diteur pour fichier <a href=\"https:\/\/drive.google.com\/file\/d\/1975YzlQbQxpXaYprF6871vgVq6DkI_1L\/view?usp=sharing\">Longueur_ADN_totale_femme_simplifie.py<\/a><\/td><\/tr><tr><td>nbre_nucleotides_chromo_1=252068378  <br> nbre_nucleotides_chromo_2=245220949  <br> nbre_nucleotides_chromo_3=200774254  <br> nbre_nucleotides_chromo_4=192592236  <br> nbre_nucleotides_chromo_5=183807488  <br> nbre_nucleotides_chromo_6=172941054  <br> nbre_nucleotides_chromo_7=161337798  <br> nbre_nucleotides_chromo_8=146952869  <br> nbre_nucleotides_chromo_9=140124651  <br> nbre_nucleotides_chromo_10=135469890  <br> nbre_nucleotides_chromo_11=136775205  <br> nbre_nucleotides_chromo_12=134941251  <br> nbre_nucleotides_chromo_13=115793883  <br> nbre_nucleotides_chromo_14=108381765  <br> nbre_nucleotides_chromo_15=103266079  <br> nbre_nucleotides_chromo_16=91467575  <br> nbre_nucleotides_chromo_17=84298160  <br> nbre_nucleotides_chromo_18=81377952  <br> nbre_nucleotides_chromo_19=59350337  <br> nbre_nucleotides_chromo_20=65249720  <br> nbre_nucleotides_chromo_21=47293858  <br> nbre_nucleotides_chromo_22=51453699  <br> nbre_nucleotides_chromo_X=157991407   <br> dist_bases=0.34 <br><p><span style=\"color: #339966\">#distance entre deux bases en nm<\/span><\/p>\nlg_ADN_totale_femme_haploide=((nbre_nucleotides_chromo_1+nbre_nucleotides_chromo_2+nbre_nucleotides_chromo_3+nbre_nucleotides_chromo_4+nbre_nucleotides_chromo_5+nbre_nucleotides_chromo_6+nbre_nucleotides_chromo_7+nbre_nucleotides_chromo_8+nbre_nucleotides_chromo_9+nbre_nucleotides_chromo_10+nbre_nucleotides_chromo_11+nbre_nucleotides_chromo_12+nbre_nucleotides_chromo_13+nbre_nucleotides_chromo_14+nbre_nucleotides_chromo_15+nbre_nucleotides_chromo_16+nbre_nucleotides_chromo_17+nbre_nucleotides_chromo_18+nbre_nucleotides_chromo_19+nbre_nucleotides_chromo_20+nbre_nucleotides_chromo_21+nbre_nucleotides_chromo_22+nbre_nucleotides_chromo_X)-23)*dist_bases \n<p><span style=\"color: #339966\"># ajoute le nombre de nucl\u00e9otides pour les chromosomes 1 \u00e0 X puis soustrait 23 (pour calculer avec le bon nombre d&rsquo;espaces entre deux nucl\u00e9otides dans chacun des 23 chromosomes) puis multiplie par la valeur de la distance entre deux nucl\u00e9otides<\/span><\/p>\nlg_ADN_totale_femme=lg_ADN_totale_femme_haploide*2 <p><span style=\"color: #339966\">#n\u00e9cessit\u00e9 de multiplier le r\u00e9sultat pr\u00e9c\u00e9dent par deux pour obtenir la valeur pour une cellule diplo\u00efde<\/span><\/p> print(round(lg_ADN_totale_femme,2)) <p><span style=\"color: #339966\"># affiche dans la console le r\u00e9sultat arrondi \u00e0 deux chiffres apr\u00e8s la virgule<\/span><\/p><\/td><\/tr><tr><td>Console pour Longueur_ADN_totale_femme_simplifie.py    <\/td><\/tr><tr><td>&gt;&gt;&gt;<br>2018839614.48          <br>&gt;&gt;&gt;<\/td><\/tr><\/tbody><\/table>\n\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\">Proposition p\u00e9dagogique pour les d\u00e9butants<\/h4>\n\n\n\n<p><strong>Demander quelles sont les variables n\u00e9cessaires pour calculer la longueur totale de l\u2019ensemble de l\u2019ADN d\u2019une cellule humaine de femme.<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p><strong>Fournir le fichier <em>Longueur _ADN_totale_femme_simplifi\u00e9. py <\/em>et demander de le modifier pour calculer la longueur totale de l\u2019ensemble de l\u2019ADN d\u2019une cellule humaine d&rsquo;homme.<\/strong><\/p>\n\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\">Proposition p\u00e9dagogique pour les initi\u00e9s<\/h4>\n\n\n\n<p><strong>Fournir le fichier <em>Longueur _ADN_totale_femme_simplifi\u00e9. py <\/em>et demander de compl\u00e9ter le script pour calculer la longueur totale de l\u2019ensemble de l\u2019ADN d\u2019une cellule humaine de femme.<\/strong><\/p>\n\n\n\n<p><strong>Copier et modifier le script obtenu dans un nouveau fichier pour calculer la longueur totale de l\u2019ensemble de l\u2019ADN d\u2019une cellule humaine d&rsquo;homme.<\/strong><\/p>\n\n\n\n<hr class=\"wp-block-separator\" \/>\n\n\n\n<!--nextpage-->\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\" id=\"mce_2\">Capacit\u00e9s :<br><strong>Calculer la longueur d\u2019ADN de l\u2019ensemble des cellules humaines<\/strong><\/h2>\n\n\n\n<p><strong>(3,0.10<sup>13<\/sup> cellules d\u2019apr\u00e8s Planet Vie, d\u2019apr\u00e8s PLOS Sender, Fuchs, Milos).<\/strong><\/p>\n\n\n<p><span style=\"color: #3366ff\">Fichier <a href=\"https:\/\/drive.google.com\/file\/d\/1IihrZ-kMlkBSANC3GMshamF5FrGuTDKZ\/view?usp=sharing\"><em>Longueur_ADN_totale_femme_corps_simplifie.py<\/em><\/a><\/span><\/p>\n<p>\u00c9diteur <span style=\"color: #ff9900\">(identique \u00e0 capacit\u00e9 pr\u00e9c\u00e9dente sauf fin)<\/span><\/p>\n<table>\n<tbody>\n<tr>\n<td width=\"778\">\n<p>lg_ADN_totale_femme_corps=lg_ADN_totale_femme*3e+13<\/p>\n<p><span style=\"color: #339966\"># multiplication de la longueur d&rsquo;ADN dans chaque cellule par le nombre de cellules du corps humain&nbsp;<\/span><\/p>\n<p>print(round(lg_ADN_totale_femme_corps,2))<\/p>\n<p><span style=\"color: #339966\"># affiche dans la console le r\u00e9sultat arrondi \u00e0 deux chiffres apr\u00e8s la virgule&nbsp;&nbsp;&nbsp;<\/span><\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<p>Console<\/p>\n<table>\n<tbody>\n<tr>\n<td width=\"778\">\n<p>&gt;&gt;&gt;&nbsp;<\/p>\n<p>6.260618087400001e+22<\/p>\n<p>&gt;&gt;&gt;&nbsp;<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<p><\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Capacit\u00e9s :Calculer la longueur totale d\u2019une mol\u00e9cule d\u2019ADN dans un chromosome \u00c9tape a &#8211; Calculer le nombre de bases dans la mol\u00e9cule d\u2019ADN du chromosome 1 consid\u00e9r\u00e9. Fichier Nombre_nucleotides_chromosome_1.py (ndp&nbsp;: les fichiers de s\u00e9quen\u00e7age de chromosomes proviennent du Genome Reference Consortium [www.ncbi.nlm.gov\/grc\/human] [Mise \u00e0 jour GRCh38.p13 du 1er Mars 2019] qui propose des s\u00e9quences consensus &hellip; <\/p>\n<p><a class=\"more-link btn\" href=\"https:\/\/ent2d.ac-bordeaux.fr\/disciplines\/svt\/python\/premiere-specialite\/la-replication-de-ladn\/\">Lire la suite<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":8,"featured_media":0,"parent":2592,"menu_order":1,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"template-onecolumn.php","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-2609","page","type-page","status-publish","hentry","nodate","item-wrap"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/ent2d.ac-bordeaux.fr\/disciplines\/svt\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2609","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/ent2d.ac-bordeaux.fr\/disciplines\/svt\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/ent2d.ac-bordeaux.fr\/disciplines\/svt\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ent2d.ac-bordeaux.fr\/disciplines\/svt\/wp-json\/wp\/v2\/users\/8"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ent2d.ac-bordeaux.fr\/disciplines\/svt\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2609"}],"version-history":[{"count":19,"href":"https:\/\/ent2d.ac-bordeaux.fr\/disciplines\/svt\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2609\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2684,"href":"https:\/\/ent2d.ac-bordeaux.fr\/disciplines\/svt\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2609\/revisions\/2684"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/ent2d.ac-bordeaux.fr\/disciplines\/svt\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2592"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/ent2d.ac-bordeaux.fr\/disciplines\/svt\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2609"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}